Acoplamiento molecular

Glosario del artículo
• Receptor – Es la molécula que recibe, por lo normal es una proteína u otro biopolímero.
• Ligando – Es la pareja complementaria que se enlaza al receptor. Por lo general son moléculas más pequeñas que el receptor, aunque también pueden ser otro biopolímero.
• Acoplamiento molecular – Simulación por computadora de un ligando que puede ser candidato para formar un enlace con el receptor.
• Modo de enlace – Es la orientación relativa del ligando con su receptor, así como también la conformación espacial del ligando y el receptor cuando ya están enlazados
• Pose – Un candidato al modo de enlace
• Funciones de puntuación – Es el proceso que evalúa una pose en particular, contando el número de interacciones favorables, tales como puentes de hidrógeno o interacciones hidrofóbicas.

Acoplamiento molecular o Docking (del inglés, anclarse). En el campo del Modelado molecular, este es un método que predice la conformación preferida de una molécula, al estar unida a otra, con el fin de formar un complejo estable.^[1] El conocimiento de la orientación preferida a su vez puede ser usada para predecir la fuerza de la asociación o la afinidad de enlace entre dos moléculas, usando por ejemplo, las funciones de puntuación (o funciones de scoring)

La asociación entre moléculas biológicamente relevantes, tales como proteínas, ácidos nucleicos, carbohidratos y lípidos juega un papel central en la transducción de señal. Por tanto, la orientación relativa del dúo interactuante puede afectar el tipo de señal producida (ejemplo, agonismos contra antagonismo). Por lo que el acoplamiento molecular gana importancia al predecir la fuerza y el tipo de señal producida.

El acoplamiento molecular es usado para predecir la orientación del enlace de una molécula pequeña, que serán candidatos a fármacos, con la proteína que será donde ejercerán su acción, con lo que se podrá predecir la afinidad y la actividad de la molécula pequeña. Y es por eso que este método tiene un rol muy importante en el diseño racional de fármacos.^[2] Dada la importancia biológica y farmacéutica, se han hecho grandes esfuerzos buscando mejorar el método usado para predecir el acoplamiento molecular

↑ Lengauer T. Computational methods for biomolecular docking. Current Opinion in Structural Biology. 1996 6;6(3):402-406. PMID 8804827
↑ Docking and scoring in virtual screening for drug ... [Nat Rev Drug Discov. 2004] - PubMed result [Internet]. [cited 2010 Apr 24]. PMID 15520816

[1] Lengauer T. Computational methods for biomolecular docking. Current Opinion in Structural Biology. 1996 6;6(3):402-406. PMID 8804827

[2] Docking and scoring in virtual screening for drug ... [Nat Rev Drug Discov. 2004] - PubMed result [Internet]. [cited 2010 Apr 24]. PMID 15520816

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